火爆全场的AlphaFold2,你开始用了吗?

发布时间:2021-08-24 浏览量:8505 作者:联旌智能

以CASP14 92.4分拔得头筹的AlphaFold2开源啦!

想必大家都已经知道这个旧闻,但不知道是否已经开始用起来了呢?

目前谷歌提供了免费的云端平台Colab让大家可以通过Alphafold2预测蛋白质结构,不过版本和github上的有一定差异。

此外,社区版本现在还在频繁更新之中,所以如果想用原汁原味的Alphafold2开展科研工作,建议还是自己安装。

可惜AlphaFold2不是你想装就能装的,首先必须有土豪的硬件配置。


官方在Google云上的配置

硬盘:100G 启动盘 + 3T硬盘

CPU:12个vCPU

内存:85 GB

GPU:1个Nvidia A100 GPU


其次,安装的人必须有Linux的基础知识,熟悉脚本操作。

更别提2.2T海量数据库。好消息是好多是压缩包,实际下载438G,坏消息是数据库源都在国外,漫漫下载之旅(哭)。

看到这里是不是已经有点慌了?没关系,实际安装过程中会有更多的坑等着你。比如驱动、CUDA和CUDNN版本的选择,需要兼容匹配,不然就等着不停报错吧。

联旌智能结合20年的超算实施经验, 在高性能计算云平台EaaS上搭建了完整的AlphaFold2预测平台,省去了安装部署的麻烦,只需要导入序列就能预测。并已在山东大学高性能计算云平台上进行了批量测试,实现了一次构建、多次部署、全校共享、使用简便的良好效果。



相关链接

AlphaFold2开源地址:https://github.com/deepmind/alphafold

AlphaFold2预测的结构数据库:https://www.alphafold.ebi.ac.uk/

AlphaFold2 on Colab: https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb

山东大学-学校高性能计算云平台构建蛋白质结构精准预测计算环境:https://www.view.sdu.edu.cn/info/1022/155635.htm

更多新闻推荐
算力统一底座赋能政企数智化转型|联旌智能亮相AI专家研讨会
2025-03-19
喜报|联旌智能荣获上海市“专精特新”中小企业称号
2025-03-11
DeepSeek全系列模型入驻EaaS高性能计算云平台,告别排队等待!
2025-02-08
喜报|联旌智能科技(上海)有限公司荣获"2024年度新锐创新企业奖"
2025-01-08
重磅!AlphaFold3登陆EaaS高性能计算云平台
2024-11-18
获取
方案
公众号
抖音
bilibili